Sicuramente il metodo delle pieghe e' fondamentale, come ti hanno suggerito.
Quello che vedo io di "sbagliato" è l'uso della macchina del pane col programma impasto completo. Io non faccio mai lievitare i prodotti a lievitazione naturale DENTRO la MdP, e l'ho detto molte volte qui sul forum. Se proprio voglio usarla, tiro fuori l'impasto appena finisce la fase di impastamento e lascio lievitare fuori.
E anche la seconda lievitazione a 27 gradi e' eccessiva: o abbassi al temperatura o fai lievitare per meno tempo. In gergo, il tuo impasto si siede.